Departemen Arkeologi sebagai salah satu bagian akademik di Fakultas Ilmu Budaya UGM secara resmi dibuka pada tahun akademik 1962/1963 sebagai pengembangan dari subjurusan Sejarah Indonesia Kuno. Pada saat pembukaan, bagian ini bernama Jurusan Purbakala dengan jumlah mahasiswa sebanyak 43 orang. Selain menerima mahasiswa baru, Jurusan Purbakala juga menerima mahasiswa sarjana dari Jurusan Sastra Indonesia dan Jurusan Sejarah, baik dari Universitas Gadjah Mada maupun dari universitas lainnya. Pada waktu itu, jumlah dosen di jurusan ini masih sangat terbatas sehingga harus mendatangkan beberapa pengajar dari luar kota, seperti Drs. R. Soekmono, Drs. M. Boechari, Drs. R.P. Soejono, dan Drs. Uka Tjandrasasmita.
Dalam perkembangannya, departemen ini mengalami pasang surut, bahkan sempat ditutup pada tahun 1966. Penutupan tersebut disebabkan oleh keterbatasan dana untuk mendatangkan tenaga pengajar dari luar kota yang umumnya memberikan perkuliahan pada tingkat sarjana. Di sisi lain, beberapa lulusan melanjutkan studi ke jurusan lain di Fakultas Sastra dan Kebudayaan UGM maupun di UI, sementara sebagian lainnya tidak melanjutkan studi karena sudah bekerja. Setelah departemen ini dibuka kembali dan berganti nama menjadi Departemen Arkeologi pada tahun 1967, hanya beberapa lulusan Sarjana yang melanjutkan studi mereka.
Perkembangan departemen mencapai tonggak penting pada pertengahan tahun 1980-an dengan kedatangan dosen tamu dari Ford Foundation, Dr. John N. Miksic. Beberapa mata kuliah baru kemudian dikembangkan, seperti museologi, arkeologi lingkungan, dan etnoarkeologi, serta kajian mengenai pusat-pusat peradaban kuno. Beberapa staf juga melanjutkan pendidikan untuk meraih gelar magister dan doktor, baik di dalam maupun luar negeri. Hal ini berpengaruh besar terhadap perkembangan departemen, baik secara akademik maupun kelembagaan.
Pada tahun 2001, Program Studi Pascasarjana Arkeologi (S2) dibuka dengan berinduk pada Program Pascasarjana UGM (Sekolah Pascasarjana). Dengan mengembangkan konsentrasi/minat pada bidang Manajemen Sumber Daya Arkeologi, program studi ini menghadirkan dosen-dosen dari berbagai disiplin ilmu untuk memperkaya kemampuan mahasiswa pascasarjana, seperti Prof. Dr. R.P. Soejono (Puslit Arkenas), Prof. Ir. Eko Budihardjo, M.Sc. (Arsitektur Undip), Prof. Dr. Dra. M.G. Endang Sumiarni, S.H., M.H. (Hukum Universitas Atmajaya), dan Prof. Dr. Wiendu Nuryanti, M.Arch. (Arsitektur UGM). Pengelolaan program pascasarjana monodisipliner kemudian dilepaskan dari Sekolah Pascasarjana UGM (d.h. Program Pascasarjana) untuk dikelola langsung oleh Departemen pada tahun 2008.
Dua tahun kemudian, departemen ini berkembang dengan membuka minat utama pada bidang museologi, baik di tingkat sarjana (S1) maupun pascasarjana (S2). Program ini merupakan hasil kerja sama dengan Tropenmuseum dan Reinwardt Academie di Amsterdam. Selama lima tahun, dosen-dosen dari Belanda mengajar mata kuliah pascasarjana bersama dosen-dosen dari Departemen Arkeologi. Beberapa pengajar dari Belanda tersebut antara lain Pim Westerkamp, Itie van Hout, Ruben Smit, Ben Meulenbeld, Alex Lucius Stipriaan, Martijn de Ruijter, dan Mirjam Shatanavi.
Pada tahun 2006, dilakukan reorganisasi di UGM. Departemen Arkeologi menjadi Departemen Arkeologi yang membawahi dua program studi, yaitu Program Studi Sarjana Arkeologi dan Program Studi Magister Arkeologi. Selain itu, bersama departemen lain, sejak tahun 2010 Departemen Arkeologi juga turut mengelola Program Studi S1 Pariwisata.
Selain dosen tamu yang telah disebutkan sebelumnya, beberapa dosen lain juga pernah diundang untuk mengajar mata kuliah tertentu. Dari SPSP Jawa Tengah terdapat Drs. I Gusti Ngurah Anom (mengajar restorasi) dan Dra. Zaimul Azzah (arkeologi Islam); dari Balai Arkeologi Yogyakarta terdapat Drs. M.M. Sukarto K. Atmodjo (epigrafi), Dra. Novida Abbas (arkeologi Islam), Drs. Bugie Mh. Kusumohartono (arkeologi lingkungan), dan Drs. Gunadi Nitihaminoto. Dari SPSP Yogyakarta terdapat Drs. Th. Aq. Sunarto (mengajar restorasi), dan dari BPSMP Sangiran terdapat Dr. Harry Widiyanto (mengajar paleoantropologi).
Sementara itu, dari UGM terdapat Prof. Dr. Ir. Parmono Atmadi dan Ir. Ismudiyanto Ismail (Teknik Arsitektur, mengajar mata kuliah arsitektur), Prof. Dr. Sutikno, Drs. Jomulyo, Drs. Yusron Halim, Drs. Eko Haryono, M.Si., dan Drs. Junun Saptohadi (Fakultas Geografi, mengajar geomorfologi, stratigrafi, atau kartografi), Ir. Sutoto, S.U. dan Ir. Mulyadi (Teknik Geologi, mengajar geologi dasar), Dr. Ir. Yutono (Fakultas Pertanian, mengajar konservasi), serta Abdul Ghofar, S.H. (Fakultas Hukum, mengajar hukum Islam). Dari bidang Paleoantropologi, Fakultas Kedokteran UGM juga memiliki (dan sebagian masih) pengajar seperti Prof. Dr. T. Jacob, M.S., M.D., dr. Agus Supriyo, dr. Budi Sampurno, Prof. Dr. drg. Etty Indriati, dan Drs. Rusyad Adi Suriyanto yang mengajar paleoantropologi atau antropologi fisik.
Dosen tetap yang telah pensiun:
Drs. Soediman
Drs. Kusen | Riwayat & Karya
Drs. Ph. Subroto, M.Sc.
Dr. Riboet Darmosoetopo
Prof. Dr. Timbul Haryono, M.Sc.
Drs. Slamet Pinardi, M.A.
Prof. Dr. Sumijati Atmosudiro
Prof. Dr. Inajati Adrisijanti | Riwayat & Karya
Dr. Djoko Dwiyanto, M.Hum. (2018) | Riwayat & Karya
Dra. Djaliati Sri Nugrahani, M.A. (2024) | Riwayat & Karya
Dr. Daud Aris Tanudirjo, M.A. (2024)
